ב- הלך לעולמו בגיל 87 לאחר סיום תפקידו כראש העיר, בשנת 2003 מונה לשגריר ישראל בפיליפינים ושימש בתפקיד כארבע שנים
שגיא טען כי אסור לשבת בביירות: "נשב שם כל עוד יושב שם הכוח הרב-לאומי והטענות לא יהיו אלינו הוא הלך לפגישה של חוג ניצי ב אך לא הרגיש שזה מקומו

יהושע שגיא הלך לעולמו

שגיא טען בה כי התנגשות עם הכוחות הסוריים בלבנון היא בלתי נמנעת מאחר ש"אי אפשר לצאת למלחמה ולא לתקוף את הטילים", ושהעימות עמם יתחיל כבר מהשלב הראשון.

3
Yehoshua Sagi
בתפקידו כסגן ראש אמ"ן התנגד שגיא להסכם השלום בין ישראל למצרים, ובהמשך התנגד לברית שנרקמה באותן השנים בין ישראל לפלנגות הנוצריות בלבנון
יהושע שגיא הלך לעולמו
שגיא גם האשים את פרקליטו, , במסקנות הוועדה כלפיו
Yehoshua Sagi
שגיא אמר: "לו היה יודע, היה מביא את הממשלה לדיון ולהצבעה על כך
את מרבית שירותו עשה בחיל המודיעין ופסגת הקריירה הצבאית שלו היתה בתפקיד ראש אמ"ן
הרמטכ"ל ושר הביטחון לשעבר, משה בוגי יעלון, ספד לשגיא: "אנחנו נפרדים מאלוף מיל' יהושע שגיא ז״ל - קצין מודיעין במשך כל שירותו הצבאי, ראש אמ״ן בתקופה מאתגרת ומשמעותית כראש אמ"ן פתח את ל והביא למצב שבו כמחצית הקצינים בחיל היו נשים

יהושע שגיא הלך לעולמו

על כל דבר קטן יבואו אלינו".

18
יהושע שגיא הלך לעולמו
שגיא גם חשש שהפצצת הכור תביא לאיחוד מחדש של העולם הערבי נגד ישראל, וטען שאין תקדים להשמדת כור גרעיני
יהושע שגיא הלך לעולמו
לבסוף הוא הצטרף ל בדצמבר 1987
יהושע שגיא
למרות התנגדותו לקשרים בין צה"ל לפלנגות, והעובדה שהזהיר מפני אפשרות של טבח במחנות הפליטים בלבנון, מצאה ועדת כהן את שגיא כאחד האשמים באירועי "סברה ושתילה" , מאחר שלא התריע במועד על כניסת הפלנגות למחנות